Esta institución fue fundada el año 1965 gracias a la iniciativa del primer presidente Felipe Aragón, quien junto a varios estudiantes de la época y del barrio del mismo nombre, y como era de esperar, después de dos años de militar en la Segunda categoría logró su ascenso a la Primera división, donde llegó a enfrentar a los equipos más representativos del fútbol camanejo.

Tuvo rivales de la categoría de Deportivo Estrella, Villa Hermosa, Buenos Aires, Deportivo Camaná, entre otros y una de sus mejores actuaciones las cumplió el año 1968 donde se coronaron

 

campeones y donde destacó como uno de sus principales valores el recordado Jesús “Cachucho” Neyra, quien posteriormente pasó al desaparecido Atlético Universidad, luego llegó al FBC Melgar en el fútbol profesional peruano.

Debido a sus buenas actuaciones el popular “Cachucho” fue convocado a la selección nacional que dirigía Lajos Barotti, para finalmente jugar en el Atlético Chalaco.

El club Deportivo Independiente de San Jacinto ha tenido también buenos valores como Miguel Medina, Juan Tejada, Héctor “Mogambo” Riega, Saturnino Durand, Alfredo Béjar, Juan Rivera, Fredy Castillo, Juan Concha, Sabino Rodríguez, Vicente Ludeña, entre otros.